Đảo Timor là một bộ phận của quần đảo Mã Lai và là phần lớn nhất và xa nhất về phía đông của cụm đảo Lesser Sunda. Về phía bắc của đảo nhiều núi đồi là eo biển Ombai và eo biển Wetar, về phía nam Biển Timor tách rời đảo với Úc, trong khi phía tây là tỉnh Đông Nusa Tenggara của Indonesia. Điểm cao nhất của Đông Timor là Núi Ramelau (còn được gọi là Núi Tatamailau ở độ cao 2.963 mét.

Đông Timor nằm trong vùng nhiệt đới, nói chung là nóng và ẩm, có hai mùa mưa và mùa khô rõ rệt. Thủ đô, thành phố lớn nhất và là cảng chính là Dili, thành phố lớn thứ nhì là thành phố Baucau ở phía đông. Dili có sân bay quốc tế đang hoạt động duy nhất, mặc dù có các sân bay nhỏ ở Baucau và Oecusse được dùng cho các chuyến bay nội địa. Đường băng của sân bay Dili không thể chịu được các máy bay vận tải lớn[32].